Latar belakang: Kanker penis dan kanker anus merupakan jenis kanker yangberkaitan erat dengan infeksi Human Papilloma Virus (HPV). Prevalensi kankerpenis dan anus di Indonesia tergolong rendah, yaitu masing-masing 0,26% dan0,19%, namun angka kekambuhan dan mortalitasnya masih tinggi. Ketidaktepatanterapi dapat meningkatkan beban biaya serta menurunkan kualitas hidup pasien.Oleh karena itu, diperlukan studi farmakoekonomi dengan pendekatan Cost-Effectiveness Analysis (CEA) untuk mengevaluasi efisiensi dan efektivitas tiapregimen terapi yang diterapkan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisisefektivitas biaya terapi pada pasien kanker penis dan kanker anus di RSUDBanyumas selama periode 2018-2023. Metode: Penelitian ini menggunakanpendekatan observasi analitik dengan rancangan analytical cross-sectional danpengambilan data retrospektif berdasarkan rekam medis, data keuangan, danwawancara pasien. Sampel penelitian terdiri dari 6 pasien, yaitu 2 pasien kankerpenis dan 4 pasien kanker anus, yang disesuaikan dengan kriteria inklusi daneksklusi. Hasil: Menunjukkan bahwa pada pasien kanker penis diperoleh ICERpanektomi parsial vs biopsi eksisi Rp. -2.418.626,99 untuk pasien tidak kambuhdan Rp. -241.862.69 untuk ketahanan hidup pasien. Pada pasien kanker anusdiperoleh ICER kolostomi vs ekstirpasi anal dan endoskopi vs obat tidak terdefinisiuntuk outcome kekambuhan sedangkan untuk ketahanan hidup diperoleh ICERkolostomi vs ekstirpasi anal Rp. -2.341.637,83 dan endoskopi vs obat Rp.628.105,50. Kesimpulan: Berdasarkan analisis ICER untuk kanker penis, terapipanektomi parsial dinyatakan tidak efisien dibandingkan biopsi eksisi. Sedangkanpada kanker anus, kolostomi lebih hemat biaya dan efektif dibandingkan ekstirpasianal, dan endoskopi memberikan outcome klinis lebih baik, tetapi memerlukan biaya tambahan. Secara umum, tingkat kekambuhan untuk pasien kanker penisadalah 50%, sementara seluruh pasien kanker anus mengalami kekambuhan(100%). Dari segi ketahanan hidup, pasien kanker penis dengan terapi biopsi eksisi memiliki ketahanan hidup tertinggi selama 12 bulan, sedangkan pasien kanker anus dengan terapi kolostomi memiliki ketahanan hidup tertinggi selama 6 bulan.