Penelitian ini memiliki tujuan untuk menguji pengaruh resiko pembiayaan musyarakah dan resiko pembiayaan murabahah terhadap tingkat profitabilitas Bank Pembiayaan Rakyat Syariah. Populasi penelitian ini adalah semua Bank Pembiayaan Rakyat Syariah di Kabupaten Banyumas yang terdaftar di BI periode 2014-2016. Data yang digunakan adalah laporan triwulanan kuartal I – IV periode 2014 – 2016 dan diperoleh 36 data. Alat analisis yang digunakan adalah regresi linear berganda. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa Resiko pembiayaan musyarakah berpengaruh negatif terhadap profitabilitas Bank Pembiayaan Rakyat Syariah, Resiko pembiayaan murabahah berpengaruh negatif terhadap profitabilitas Bank Pembiayaan Rakyat Syariah.