Pelaksanaan penelitian ini di latar belakang oleh kondisi sekolah yang memiliki potensi bencana banjir dan konflik antar siswa. penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pelaksanaan program sekolah cerdas dan pembelajaran berbasis sekolah cerdas di SD Muhammadiyah Pasirkidul. Informan penelitian ini adalah kepala sekolah, guru dan trainer dalam penerapan dan pembelajaran program sekolah cerdas. Penelitian ini dilakukan dengan metode wawancara, dokumen, observasi dan catatan lapangan yang dilakukan peneliti selama mengikuti program sekolah cerdas. Dari hasil penelitian diketahui bahwa sekolah memiliki potensi bahaya banjir dan konflik antar siswa. sekolah telah melaksanakan tahapan tahapan pembelajaran berbasis sekolah cerdas. Pembelajaran berbasis sekolah cerdas adalah integrasi kurikulum sekolah dengan kurikulum sekolah cerdas. Terdapat hambatan dalam penerapan program sekolah cerdas seperti dalam pengintegrasian kurikulum dan pendanaan program. Manfaat yang diperoleh sekolah dalam penerapan program ini antara lain tumbuhnya rasa menghargai antar sesama, menumbuhkan ketakwaan pada Allah SWT dan menurunya tingkat bullying di lingkungan sekolah.