Toleransi merupakan konsepyang sangat penting untuk membangun keharmonisan dalam kehidupan sosial. Tatanan kehidupan sosial salah satunya yaitu di lingkungan sekolah. Sekolah adalah bagian kecil dari lingkungan sosial, sehingga untuk menjaga dan memelihara perbedaan warga sekolah diperlukan kesadaran akan toleransi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui implementasi pembelajaran Pendidikan Kewarganegaraan dalam mengembangkan kesadaran toleransi siswa di SMP Muhammadiyah 1 Purwokerto. Proses penelitian ini menggunakan pendekatan penelitian kualitatif, metode yang digunakan adalah metode deskriptif. Subjek penelitian ini adalah siswa, guru Pendidikan Kewarganegaraan, dan kepala SMP Muhammadiyah 1 Purwokerto. Teknik pengumpulan data diperoleh melalui wawancara, observasi, dokumentasi, dan studi literatur. Berdasarkan hasil penelitian, terungkap bahwa pembelajaran Pendidikan Kewarganegaraan mempunyai peranan dalam mengembangkan kesadaran toleransi siswa. Hal ini dibuktikan dengan materi pelajaran Pendidikan Kewarganegaraan yang menyisipkan nilai-nilai toleransi secara hidden curiculum (kurikulum yang tersembunyi) dalam pembelajaran Pendidikan Kewarganegaraan dikelas dengan tidak hanya menitiberatkan pada penguasaan materi saja. Serta didukung penggunaan metode dan media pembelajaran yang bervariasi.Disamping penyisipan nilai-nilai toleransi melalui pembelajaran Pendidikan Kewarganegaraan, terdapat konstribusi yang nyata terhadap pengembangan kesadaran toleransi siswa dari sekolah melalui kegiatan saturday funday. Dalam mengembangkan kesadaran toleransi siswaterdapat kendala yang dihadapi diantaranya yaitu penguasaan konsep toleransi pada siswa belum dipahami secara komprehensif sehingga berdampak pada perilaku siswa yang kadang-kadang menunjukan perilaku intoleransi. Upaya untuk mengatasi kendala tersebut dilakukan melaluipembuatan aturan yang ketat di kelas oleh guru PKn, seperti siswa harus menyimak guru ketika menjelaskan. Didukung oleh tata tertib sekolah untuk menunjang pengembangan kesadaran toleransi.