Transformasi perkembangan era digital membawa banyak perubahan salah satunya pada aspek keamanan. Salah satu metode yang dapat meningkatkan aspek keamanan tersebut yaitu dengan menggunakan metode autentikasi dua faktor (2FA) dengan menggunakan kode One Time Password (OTP) sebagai lapisan tambahan autentikasi. Penelitian ini membahas tentang penerapan WhatsApp API dengan menggunakan pihak ketiga penyedia API bernama Fonnte yang diimplementasikan pada sistem informasi akademik SMAN 3 Purwokerto. Dengan integrasi API Fonnte dapat mengirimkan kode OTP secara real time dengan rata-rata delay waktu 1,2 detik yang dikirimkan melalui WhatsApp yang telah menjadi aplikasi instan populer dan mudah diakses oleh berbagai kalangan. Implementasi ini dirancang untuk meningkatkan keamanan data pengguna serta meminimalkan resiko akses yang tidak sah. Hasil dari pengujian menunjukan bahwa penerapan autentikasi dua faktor dengan menggunakan OTP ini efektif dalam mengirimkan OTP dengan respon waktu yang cepat dan mendapatkan hasil dengan memberikan kuesioner terhadap 10 responden didapatkan hasil 82,6 dengan kategori Sangat Setuju.