Bakso merupakan salah satu makanan favorit di Indonesia yang biasanya terbuat dari daging sapi atau ayam. Tingginya harga daging sapi memungkinkan terjadinya pemalsuan oleh daging yang bersifat haram, yaitu daging anjing. Salah satu metode yang dapat digunakan untuk menganalisis keberadaan bahan non halal adalah Kromatografi Gas Spektrometri Massa atau GCMS (Gas Chromatography Mass Spectrometry). Tujuan dilakukan penelitian ini adalah untuk menganalisis kandungan daging anjing pada bakso sapi dengan menggunakan GCMS yang dikombinasi dengan kemometrika PCA (Principle Component Analysis) dan PLS (Partial Least Square). Metode penelitian ini adalah penelitian non eksperimental berupa identifikasi profil asam lemak daging anjing dan daging sapi pada bakso simulasi dengan menggunakan GCMS. Hasil penelitian yang didapat berupa profil kromatogram GCMS menunjukkan bahwa terdapat perbedaan komposisi asam lemak antara daging anjing dan sapi. Pada lemak daging anjing muncul beberapa asam lemak yang tidak dimiliki oleh lemak daging sapi diantaranya asam kaproat, asam siklopentanetridekanoat, asam arakhidonat, asam 7,10,13- eikosatrienoat, asam 9,12,15- oktadekatrienoat. Analisis kualitatif menggunakan PCA menunjukkan lemak daging anjing dan daging sapi dapat dibedakan dan terpisah ke dalam 4 kuadran yang berbeda. Analisis kuantitatif menggunakan PLS menghasilkan persamaan Y= 0,9843x + 0,5647 dengan R2 = 0,9974. Metode GCMS telah mampu menganalisis daging anjing pada bakso sapi secara PCA dan PLS.