Latar Belakang: Seiring meningkatnya penggunaan antibiotik yang tidak terkontrol
maka jumlah bakteri yang resisten terhadap antibiotik semakin bertambah. Dalam
upaya penanggulangan dari serangan bakteri resisten, perlu dilakukan deteksi terhadap
gen penyandi 16S rRNA bakteri karena mutasi pada gen rRNA sering dijumpai pada
bakteri yang resisten terhadap antibiotik. Salah satu teknik dalam mengidentifikasi 16S
rRNA bakteri adalah dengan cara menganalisis struktur atau susunan basa DNA.
Metode yang digunakan untuk analisis DNA bakteri resisten yaitu dengan amplifikasi
DNA melalui metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Kemudian hasil amplifikasi
dipotong oleh enzim restriksi HindIII untuk memperoleh fragmen DNA.
Tujuan Penelitian: Untuk mengidentifikasi hasil pemotongan produk PCR dari 16S
rRNA bakteri multiresisten antibotik yang diisolasi dari tanah Rumah Sakit di
Purwokerto (isolat WK 45) menggunakan enzim restriksi HindIII.
Metode Penelitian: Jenis penelitian ini adalah penelitian eksperimental yaitu
mengidentifikasi produk PCR hasil amplifikasi 16S rRNA yang menggunakan primer
universal 8F dan 1492R. Hasil amplifikasi produk PCR kemudian dipotong oleh
enzim restriksi HindIII.
Hasil: Gen 16S rRNA bakteri WK 45 genus Streptococcus memiliki ukuran 1600 bp.
Berdasarkan data yang diperoleh dari NCBI (National Center for Biotechnology
Information) terhadap beberapa bakteri genus Streptococcus, bakteri yang dipotong
oleh enzim restriksi HindIII pada gen 16S rRNA dengan fragmen pengenal 5’-
AAGCTT-3’. HindIII dapat memotong gen 16S rRNA pada bakteri Streptococcus
pneumoniae isolate 19-5-F pada dua tempat pemotongan dan juga ada beberapa
contoh bakteri strain lain yang tidak terpotong. Hasil penelitian menunjukkan HindIII
tidak berhasil memotong gen 16S rRNA, kemungkinan adanya mutasi pada sekuen
gen 16S rRNA sehingga tidak dikenali lagi oleh HindIII.
Kesimpulan: Gen 16S rRNA pada bakteri dari isolat WK 45 diduga mengalami
mutasi pada daerah pemotongan enzim HindIII. Mutasi tersebut diduga berkaitan
dengan resistensi bakteri. Kemungkinan juga bakteri tersebut merupakan bakteri jenis
spesies Streptococcus tertentu.