Tanaman kedelai di Indonesia merupakan tanaman pangan penting setelah padi dan jagung. Kebutuhan kedelai di Indonesia belum terpenuhi oleh produksi nasional karena rendahnya minat budidaya tanaman kedelai oleh petani. Salah satu alasan rendahnya minat budidaya tanaman kedelai karena adanya serangan penyakit karat yang disebabkan oleh jamur Phakopsora pachyrhizi. Penyakit ini dianggap penting karena dapat menurunkan produksi kedelai 10 – 90%. Umumnya petani kedelai mengendalikan penyakit karat menggunakan fungisida sintetik. Namun tindakan ini dianggap kurang baik karena dapat menyebabkan pencemaran tanah, air dan mengganggu kesehatan manusia. Salah satu cara yang lebih ramah lingkungan dalam mengurangi serangan jamur karat adalah dengan penggunaan agensia hayati. Tujuan penelitian ini ialah untuk mengetahui pengaruh pemberian agensia hayati terhadap penyakit karat pada kedelai varietas umur dalam di dataran menengah. Penelitian ini menggunakan rancangan percobaan berupa Rancangan Acak Lengkap (RAL) dua faktor. Faktor pertama adalah varietas kedelai yaitu Sinabung dan Wilis. Faktor kedua adalah pemberian agensia hayati berupa Corynebacterium dan Plant Growth Promoting Rhizobacter (PGPR). Penelitian ini dilakukan dengan 4 kali ulangan. Parameter yang diamati yaitu tinggi tanaman, diameter tajuk, diameter batang, jumlah polong, jumlah biji, berat biji, berat 100 biji dan intensitas penyakit karat. Penelitian dilakukan selama empat bulan. Data yang diperoleh dianalisis menggunakan uji F, di lanjutkan uji Duncan Multiple Range Test (DMRT) pada taraf kepercayaan 95%. Berdasarkan hasil analisis, diketahui varietas mempunyai pengaruh yang sangat nyata terhadap tinggi tanaman dan diameter tajuk, pengaruh yang nyata terhadap hasil berat 100 biji. Perlakuan pemberian agensia hayati tidak menunjukkan pengaruh yang nyata terhadap semua parameter yang diamati. Perlakuan varietas dan agensia hayati tidak berpengaruh nyata pada intensitas penyakit karat dan serangan yang terjadi masih dalam taraf ringan (nilai 1 dari 4 skala).