Latar Belakang : Nanas kerang (Rhoeo spathacea) telah terbukti memiliki aktivitas antiinflamasi, antifertilitas (Professor et al., 2021). Tumbuhan nanas kerang dapat berguna sebagai terapi alternatif pelengkap dalam memerangi munculnya strain MDR dari Mycobacterium tuberculosis. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui yaitu interaksi senyawa yang terkandung dalam Nanas kerang secara in silico terhadap mutasi gen RpoB Mycobacterium tuberculosis melalui docking molekuler. Dalam docking molekuler memprediksi ada tidaknya interaksi antar dua molekul dengan hasil suatu model yang saling mengikat.Metode : Simulasi dinamika molekuler dengan mengatur suhu, pH, dan air dengan melihat RMSD dan RMSF.Hasil : senyawa aktif Nanas kerang dengan mutan RpoB D435V menunjukkan bahwa semua senyawa uji (rutin, peltatoside, tradecantoside, dan ferulic acid), senyawa rutin memiliki afinitas pengikatan terbaik, dengan nilai binding affinity -12,1905 kkal/mol, dibandingkan ligan pembanding rifampisin. Dan nilai RMSD yang rendah dan konsisten (<1,5 nm) serta nilai RMSF yang rendah pada residu kunci, yang mengindikasikan bahwa rutin memiliki potensi sebagai inhibitor stabil terhadap protein mutan tersebut.Kesimpulan : Interaksi senyawa aktif Nanas kerang dengan mutan RpoB D435V mampu berikatan dengan protein target melalui ikatan hidrogen dan hidrofobik. Dan menghasilkan Kestabilan interaksi antara rutin dan mutan RpoB D435V menunjukkan kestabilan kompleks yang baik.