Tujuan penelitian ini untuk mengetahui bagaimanakah Sistem Pengelolaan dan Problematika Pesantren Mahasiswa Kader di Universitas Muhammadiyah Purwoketo dalam mencetak kader Persyarikatan Muhammadiyah. Jenis penelitian ini adalah penelitian kualitatif. Subjek penelitiannya adalah Pengasuh Pesantren Mahasiswa Kader dan mahasantri yang tinggal di Pesantren Mahasiswa Kader. Metode pengumpulan datanya berupa metode observasi, wawancara dan dokumentasi. Sedangkan analisis datanya menggunakan analisis data deskiptif kualitatif.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa sistem pengelolaan Pesmaka diawali dengan penyeleksian calon mahasiswa program beasiswa kader, yang dilakukan oleh LPPI. Proses pendidikan mahasantri Pesmaka terdiri dari dua jenis pendidikan yaitu pendidikan di dalam kelas dan di luar kelas. Unsur-unsur sistem pengelolaan pesmaka sudah berjalan dengan baik. Akan tetapi masih ada beberapa problematika dalam pengelolaan sistem perkaderan di antaranya, ketegasan pimpinan pada program perkaderan di Universitas Muhammadiyah Purwokerto yang kurang maksimal, belum adanya gedung atau tempat khusus yang standar untuk perkaderan di Universitas Muhammadiyah Purwokerto dan pemahaman mahasantri tentang perkaderan berbeda-beda. Maka keberhasilan program perkaderan Muhammadiyah hendaknya dikelola bersama dan mendapatkan dukungan dari semua pihak yang ada di Universitas Muhammadiyah Purwokerto.